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在企業(yè)所得稅匯算清繳工作中，原高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)的高新技術(shù)企業(yè)（以下簡稱區(qū)內(nèi)高新企業(yè)），2008年沒有被重新認定為高新技術(shù)企業(yè)的，應(yīng)按何種稅率計算繳納企業(yè)所得稅？已被重新認定為高新技術(shù)企業(yè)的，又應(yīng)依據(jù)何種稅率計算繳納企業(yè)所得稅？有人認為應(yīng)按法定稅率25%進行匯算清繳，有人認為按過渡期的優(yōu)惠稅率18%進行匯算清繳。那么到底應(yīng)該依據(jù)哪種稅率呢？
　　先分析一下高新技術(shù)企業(yè)過渡期優(yōu)惠政策的規(guī)定。《企業(yè)所得稅法》第五十七條規(guī)定：“本法公布前已經(jīng)批準設(shè)立的企業(yè)，依照當時的稅收法律、行政法規(guī)規(guī)定，享受低稅率優(yōu)惠的，按照國務(wù)院規(guī)定，可以在本法施行后5年內(nèi)，逐步過渡到本法規(guī)定的稅率；享受定期減免稅優(yōu)惠的，按照國務(wù)院規(guī)定，可以在本法施行后繼續(xù)享受到期滿為止，但因未獲利而尚未享受優(yōu)惠的，優(yōu)惠期限從本法施行年度起計算。法律設(shè)置的發(fā)展對外經(jīng)濟合作和技術(shù)交流的特定地區(qū)內(nèi)，以及國務(wù)院已規(guī)定執(zhí)行上述地區(qū)特殊政策的地區(qū)內(nèi)新設(shè)立的國家需要重點扶持的高新技術(shù)企業(yè)，可以享受過渡性稅收優(yōu)惠，具體辦法由國務(wù)院規(guī)定。國家已確定的其他鼓勵類企業(yè)，可以按照國務(wù)院規(guī)定享受減免稅優(yōu)惠?！贝苏甙梼?nèi)容，一是原享受低稅率和定期減免稅優(yōu)惠企業(yè)的過渡期規(guī)定，二是對特定地區(qū)內(nèi)新設(shè)立的國家需要重點扶持的高新技術(shù)企業(yè)的過渡性優(yōu)惠政策，三是其他兜底性條款。
　　隨后，國務(wù)院對高新技術(shù)企業(yè)過渡期優(yōu)惠政策先后下發(fā)了兩個文件。第一個文件是《關(guān)于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)〔2007〕39號）。該文件明確了《企業(yè)所得稅法》第五十七條第一款的情形，對享受低稅率優(yōu)惠政策的企業(yè)，可以按5年進行過渡；享受定期減免稅優(yōu)惠政策的企業(yè)，應(yīng)按規(guī)定繼續(xù)享受。那么區(qū)內(nèi)高新企業(yè)是否適用該政策？對于區(qū)內(nèi)高新企業(yè)，該文件以列舉的方式列明兩種情況下可享受過渡性優(yōu)惠政策：一是《中華人民共和國外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅法實施細則》第七十五條第一款第六項規(guī)定，在國務(wù)院確定的國家高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)設(shè)立的被認定為高新技術(shù)企業(yè)的中外合資經(jīng)營企業(yè)，經(jīng)營期在10年以上的，經(jīng)企業(yè)申請，當?shù)囟悇?wù)機關(guān)批準，從開始獲利的年度起，第1年和第2年免征企業(yè)所得稅。二是《國務(wù)院關(guān)于實施〈國家中長期科學和技術(shù)發(fā)展規(guī)劃綱要（2006～2020年）若干配套政策的通知〉》（國發(fā)〔2006〕6號）規(guī)定，國家高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)新創(chuàng)辦的高新技術(shù)企業(yè)經(jīng)嚴格認定后，自獲利年度起2年內(nèi)免征所得稅。國發(fā)〔2006〕6號文件原文是一個整句，后半句“2年后減按15％的稅率征收企業(yè)所得稅”并未包含其中。因此，該文件規(guī)定的低稅率優(yōu)惠不適用于區(qū)內(nèi)高新企業(yè)，區(qū)內(nèi)高新企業(yè)無論是否重新獲取資格均不享受5年過渡性優(yōu)惠稅率，即不得享受“自2008年1月1日起，原享受低稅率優(yōu)惠政策的企業(yè)，在新稅法施行后5年內(nèi)逐步過渡到法定稅率。其中享受企業(yè)所得稅15%稅率的企業(yè)，2008年按18%稅率執(zhí)行，2009年按20%稅率執(zhí)行，2010年按22%稅率執(zhí)行，2011年按24%稅率執(zhí)行，2012年按25%稅率執(zhí)行；原執(zhí)行24%稅率的企業(yè)，2008年起按25%稅率執(zhí)行”的優(yōu)惠政策。國發(fā)〔2007〕39號文件同時規(guī)定，對中外合資經(jīng)營區(qū)內(nèi)高新企業(yè)還要滿足2007年3月16日前完成注冊的條件，定期減免稅優(yōu)惠的享受應(yīng)自2008年1月1日起，按原稅收法律、行政法規(guī)及相關(guān)文件規(guī)定的優(yōu)惠辦法和年限享受至期滿為止。如果因未獲利而尚未享受稅收優(yōu)惠的，其優(yōu)惠期限從2008年度起計算，不涉及過渡期優(yōu)惠稅率的問題。
　　但是也有一個例外，即國發(fā)〔2007〕39號文件附表第25項規(guī)定：“設(shè)在北京市新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)的外商投資企業(yè)，依照北京市新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)的稅收優(yōu)惠規(guī)定執(zhí)行。對試驗區(qū)的新技術(shù)企業(yè)自開辦之日起，3年內(nèi)免征所得稅。經(jīng)北京市人民政府指定的部門批準，第4年至第6年可分到按15%或10%的稅率，減半征收所得稅?！比绻髽I(yè)是設(shè)在北京市新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)享受減半期間適用15%或10%稅率的企業(yè)，根據(jù)《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于貫徹落實國務(wù)院關(guān)于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策有關(guān)問題的通知》（財稅〔2008〕21號）規(guī)定，對按照國發(fā)〔2007〕39號文件有關(guān)規(guī)定適用15%企業(yè)所得稅稅率并享受企業(yè)所得稅定期減半優(yōu)惠過渡的企業(yè)，應(yīng)一律按照國發(fā)〔2007〕39號文件第一條第二款規(guī)定的過渡期稅率計算的應(yīng)納稅額實行減半征稅，即2008年按18%稅率計算的應(yīng)納稅額實行減半征稅，2009年按20%稅率計算的應(yīng)納稅額實行減半征稅，2010年按22%稅率計算的應(yīng)納稅額實行減半征稅，2011年按24%稅率計算的應(yīng)納稅額實行減半征稅，2012年及以后年度按25%稅率計算的應(yīng)納稅額實行減半征稅。
　　國務(wù)院對高新技術(shù)企業(yè)過渡期優(yōu)惠政策下發(fā)的第二個文件是《國務(wù)院關(guān)于經(jīng)濟特區(qū)和上海浦東新區(qū)新設(shè)立高新技術(shù)企業(yè)實行過渡性稅收優(yōu)惠的通知》（國發(fā)〔2007〕40號），該文涉及過渡性優(yōu)惠稅率的規(guī)定為：“對經(jīng)濟特區(qū)和上海浦東新區(qū)內(nèi)在2008年1月1日（含）之后完成登記注冊的國家需要重點扶持的高新技術(shù)企業(yè)，在經(jīng)濟特區(qū)和上海浦東新區(qū)內(nèi)取得的所得，自取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第1年至第2年免征企業(yè)所得稅，第3年至第5年按照25%的法定稅率減半征收企業(yè)所得稅。國家需要重點扶持的高新技術(shù)企業(yè)，是指擁有核心自主知識產(chǎn)權(quán)，同時符合《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》第九十三條規(guī)定的條件，并按照《高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法》認定的高新技術(shù)企業(yè)?！贝藯l規(guī)定對高新技術(shù)企業(yè)過渡性優(yōu)惠稅率限定了區(qū)域條件（深圳、珠海、汕頭、廈門和海南經(jīng)濟特區(qū)、上海浦東新區(qū)）和技術(shù)條件（經(jīng)過科技部、財政部、國家稅務(wù)總局三部委認定），可依法定稅率25%減半征稅。
　　國發(fā)〔2007〕39號文件同時規(guī)定：“企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策與新稅法及實施條例規(guī)定的優(yōu)惠政策存在交叉的，由企業(yè)選擇最優(yōu)惠的政策執(zhí)行，不得疊加享受，且一經(jīng)選擇，不得改變?！薄镀髽I(yè)所得稅法》對高新技術(shù)企業(yè)已不再按區(qū)內(nèi)區(qū)外劃分，根據(jù)該法，只有經(jīng)過三部門認定為高新技術(shù)企業(yè)的，才能享受15%的優(yōu)惠稅率。因此，不會存在在15%稅率基礎(chǔ)上減半征稅的情形。
　　關(guān)于高新技術(shù)企業(yè)預(yù)繳所得稅的問題?！蛾P(guān)于企業(yè)所得稅預(yù)繳問題的通知》（國稅發(fā)〔2008〕17號）第一條規(guī)定：“2008年1月1日之前已經(jīng)被認定為高新技術(shù)企業(yè)的，在按照新稅法有關(guān)規(guī)定重新認定之前，暫按25%的稅率預(yù)繳企業(yè)所得稅。”在2008年，為減輕企業(yè)負擔，《國家稅務(wù)總局關(guān)于高新技術(shù)企業(yè)2008年度繳納企業(yè)所得稅問題的通知》（國稅函〔2008〕985號）規(guī)定，對經(jīng)認定已取得“高新技術(shù)企業(yè)證書”的企業(yè)，各級稅務(wù)機關(guān)要按《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅減免稅管理問題的通知》（國稅發(fā)〔2008〕111號）的規(guī)定，及時按15%的稅率辦理稅款預(yù)繳。經(jīng)認定已取得“高新技術(shù)企業(yè)證書”的企業(yè)，2008年以來已按25%稅率預(yù)繳稅款的，可以就25%與15%稅率差計算的稅額，在2008年12月份預(yù)繳時抵繳應(yīng)預(yù)繳的稅款。